Постійний запуск chkdsk при старті.

Постійний запуск перевірки диску при запуску системи може бути як результатом некоректного завершення роботи, так і результатом установки/видалення сторонніх програм для роботи з дисковою системою. Вирішується проблема досить просто.
У ключі реєстру HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager треба задати параметру BootExecute значення autocheck autochk * - це значення за замовчуванням, або примусово відключити перевірку задавши значення autocheck autochk /k:C /k:D /k:E *, де C, D, E диски для яких у даному випадку відключається перевірка.
Також, у випадку відсутності в реєстрі даного ключа, відключити перевірку можна командою chkntfs.